בעבר חיו בישראל שני תתי-מין של נמרים. הראשון הוא נמר הגליל (Panthera pardus tulliana) שהיה נפוץ בסבכי יער וחורש באזורים הרריים במרכז ובצפון. נמר הגליל האחרון ניצוד בשנת 1965 בנחל בצת במערב הגליל. במדבר יהודה, בערבה ובנגב היה חי נמר המדבר (Panthera pardus nimr) תת המין הקטן ביותר מבין נמרי העולם. נמר המדבר נכחד ונעלם מהנוף בישראל, כאשר הנמר האחרון שנצפה היה בשנת 2007 כשנכנס לביתו של תושב שדה בוקר וטרף חתול, את פוחלצו ניתן לראות בכניסה לשמורת טבע חי-בר יוטבתה. הסיבות העיקריות להיעלמות נמר המדבר הן הרס וקטיעה של בית הגידול, צמצום כמות הנטרפים, דריסות וכן ציד. במדבריום נמצאים נמרים השייכים לתת המין הפרסי (Panthera pardus saxicolor), שהוא תת המין הקרוב ביותר לנמר הגליל שהיה חי בעבר בישראל. אוכלוסיית הנמר הפרסי צנחה משמעותית מסיבות של הרס וקטיעה של בתי הגידול, ציד, הרעלות, וכן ירידה באוכלוסיות הנטרפים. הנמר הפרסי מוגדר ע"י ארגון שמירת הטבע העולמי (IUCN) בדרגת VU – עתידו בסכנה.